清洗時，須先拔下電源插頭。因為高溫會使有些食品爆裂、飛濺，可使用軟布、溫水及溫和的清潔劑清洗微波爐內部表面、爐門的前后及爐門開口處，切勿使用金屬刷清洗，以免劃傷。

如果微波爐上的污垢積淀太多，可以用微波爐專用容器裝好水，加熱幾分鐘，先讓蒸發的水份濕潤一下爐內的污漬，然后拿出水。爐內的污垢先用濕紙擦掉，再用洗滌劑把油污完全洗凈，然后再用溫水反復清洗。

擦洗微波爐的底部應該取下轉盤、轉盤支架，并經常清洗玻璃轉盤和軸環。若玻璃轉盤和軸環是熱的，要等到冷卻后再進行處理。轉盤和軸環清洗完畢后，切記要按原樣復位。取下轉盤進行清潔時，切勿操作微波爐。

在一杯水中加入一些檸檬汁，放在轉盤上煮幾分鐘，或將一個橘皮放進微波爐中加熱15－30秒，即可去除微波爐中的異味。