中草藥飼料添加劑有很多優點，但也存在不少的問題，養殖戶切忌盲目使用中草藥飼料添加劑。目前市場上銷售的一些中草藥飼料添加劑主要存在以下問題：
　　（１）配方設計不科學。大多數飼料添加劑生產企業，在制定中草藥飼料添加劑配方時，一是借助中醫資料記載優選，二是根據中草藥的用途、功能進行組方，再通過飼養試驗，檢驗其效果后優選。一個組方雖然效果顯著，但發揮作用的是哪些主要化學成分還不十分清楚，對藥物在動物機體內的變化、作用結果沒有進行更深入的研究，甚至忽視組方中有害的一面，片面追求使用效果。即使是較好的組方也沒有系統的科學試驗理論佐證。
　　（２）產品粗糙。大部分中草藥飼料添加劑均是將原料藥進行粉碎、攪拌后直接添加于飼料中。部分廠家僅停留在粗制品的生產水平上，一般添加量都在１％以上，有的高達１０％，不僅產品運輸、保存不方便，而且易改變飼料中的營養成分，造成使用困難。加之中草藥大都有辛、苦、咸、酸、甘等味，添加量過大可影響到飼料的適口性，推廣難度加大。
　　（３）缺乏微量化產品。要適應現代化飼料生產工藝要求，就必須針對單方或復方采取不同的方法分離、提純、萃取或精制，獲得其有效成分或生物活性物質后制成預混粉劑、備溶粉劑、顆粒劑、口服液、包衣微囊劑等劑型。
　　（４）缺乏系統化產品。應根據中草藥的特性，生產出不同作用方向的添加劑，打破目前一組方劑多種用途的局面。如促產蛋劑、促生長劑、畜產品質量改善劑、蛋黃色澤增強劑、豬肉瘦肉率提高劑、畜產品風味劑、免疫功能促進劑等系列化產品，以適應飼養業發展的要求。