大豆種子在進行貯藏前，最好先進行種子品質鑒定。種子品質鑒定包括種子千粒重測定、種子發芽率測定、種子凈度等參數的測定。而種子千粒重的測定需要用到數粒儀，即用自動數粒儀先數出一定數量1000粒種子，然后用天平對這千粒種子進行重量的測定。種子發芽率需用到種子老化箱等儀器，而種子凈度的測定可通過鼓風式凈度儀。

1、充分干燥：長期安全儲藏的大豆水分含量須在12%以下，如超過13%，就有霉變的危險。大豆干燥以帶莢為宜，收割后攤在曬場上曬2-3天，莢殼干透有部分爆裂時再行脫粒，這樣可防止種皮裂開和皺縮。大豆入庫后，如水分過高，仍須進一步曝曬。在曝曬過程中，溫度以不超過44-46℃為宜，若在較低溫度下晾曬則更為安全穩妥。曬干后，應先攤開冷卻，再分批入庫。

2、低溫密閉：大豆由于導熱性不良，在高溫情況下又易引起紅變，所以應低溫密閉儲藏。一般可趁寒冬季節將大豆轉倉或出倉冷凍，使種溫充分下降后，再進倉密閉儲藏，最好表面再加一層壓蓋物。有條件的地方，可將種子存入低溫庫。

3、及時倒倉過風散濕：收獲大豆時正值秋末冬初季節，氣溫逐步下降，大豆入庫后，還在進行后熟作用，會釋放出大量的濕熱，如不及時散發，就會引起發熱霉變。大豆入庫3-4周后，應及時進行倒倉過風散濕，并結合過篩除雜，以防止出汗發熱、霉變、紅變等異常現象發生。