施肥量及施肥時期確定后，必須有合理的施肥方法，應注意有機肥和無機肥、三要素的配合施用。施于深層(中層)或集中施于根際，以充分利用肥料資源，避免肥料損失，提高肥效，降低成本。
具體施用方法，因品種，茬口及地區(qū)間氣候，土壤的差異，對產(chǎn)量構成因素的主攻方向不同而不同，茲將三省常用的施肥法簡介于后。
  1．前促施肥法 在施足底肥的基礎上，早施、重施分蘗肥，使稻田在水稻生長前期有豐富的速效養(yǎng)分，特別是氮肥，以促進分蘗的早生快發(fā)，確保增蘗多穗。一般底肥用量占總用量的70％(氮肥用量占總氮量的60～80％)，其余30％的肥料在移栽返青后全部施下。此法是云南省目前普遍采用的高產(chǎn)施肥法，因該省水稻生長期間降雨集中，肥料易流失。常出現(xiàn)低溫少照，影響水稻對養(yǎng)分的吸收利用。重施底肥又以農(nóng)家肥為主，肥效穩(wěn)長，結合早施蘗肥，使水稻平穩(wěn)生長，提高有效分蘗率，并使水稻又能在幼穗分化前將施下的肥料大部分吸收利用，有利碳氮代謝轉換，不致延長營養(yǎng)生長期，避免抽穗揚花期遇低溫冷害和貪青晚熟。在四川，貴州主要用于生育期短的品種或施肥水平不高及前期溫度較低、肥效發(fā)揮較慢的地區(qū)和稻田，以及雙季早稻田。
  2．前促，中控，后補法 即在施足底肥的基礎上，早施蘗肥確保一定穗數(shù)，當分蘗達到一定數(shù)量后，通過曬田抑制對氮素的吸收，從而抑制無效分蘗，避免過早封行，爭取壯稈大穗，如復水后有脫肥現(xiàn)象，可酌施穗肥和粒肥，有利穩(wěn)庫增源。這是四川、貴州一季中稻，特別是早中熟雜交稻目前采用的主要高產(chǎn)施肥法。云南省的麥后稻田，因供氮規(guī)律呈平穩(wěn)上升狀態(tài)，供氮高峰一般出現(xiàn)在孕穗抽穗階段，且不如豆田明顯，故也多采用此法。
  3.前穩(wěn)、中促，后保法 在適量施用基肥、蘗肥達到前穩(wěn)的基礎上，增加穗肥主要是“促花肥”，再看苗補施“保花肥”，在保證足夠穗數(shù)基礎上主攻大穗、粒重。在云南海拔1600～1800米，年均溫15.7℃，水稻生育期間月平均20℃多一點的地區(qū)，特別是前作蠶豆的稻田采用此法，不僅單產(chǎn)高達600于克，且葉稻瘟發(fā)病率降低。在四川、貴州此法適用于生育期較長的品種或溫暖地區(qū)及沙泥田中的中熟中稻，以及密度大和肥料不足的稻田。
  4．底肥“一道清”的施肥法 即是將全部肥料于整田時一次施下使土肥充分混合的全層施肥法。適用于粘土，重壤土等保肥力較強的稻田，并且要肥源充足。據(jù)多年多點大面積試驗示范結果，比底肥加蘗肥和底肥加穗肥的稻株吸氮率增加，分蘗快，成穗多，長相好，行間透光率高，增產(chǎn)3.6～17.9％。
  上述幾種施肥方法，各有其適宜條件。但從水稻生育特點和對肥料的需求考慮，以分期分段施用更有利全面改善各產(chǎn)量構成因素，協(xié)調穗、粒矛盾，使“源”、“庫”、“流”都充分發(fā)展。
此外，在考慮施肥方法時還要注意采用行之有效的措施，如深層施肥、蘸秧根、塞秧窩，球肥深施、葉面施肥等都是能減少肥料流失，提高肥料利用率的經(jīng)濟施肥法。