一是感病嚴重的棉子。枯萎病、黃萎病是制約棉花產量的頑癥，而棉子又是病菌的載體，病菌可以隨著棉子迅速傳播，因此，枯萎病、黃萎病嚴重地區的棉種，不能調入感病輕的棉區，更不能調入無病棉區。
    
　　二是伏前桃和晚秋桃棉子。伏前桃和晚秋桃生長發育不良，成熟度差，鈴重量輕，種子發芽率低，長勢弱。
    
　　三是剝桃芽的棉子。有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍然有搶墑剝桃花的陋習。凡剝桃芽的棉子，由于沒有充分成熟，不能做種。
    
　　四是噴施了乙烯利的棉子。噴施乙烯利雖然可以促使棉花早熟３～４天，但對棉子損傷較大，致使其發育不全，不能做種。
    
　　五是退化嚴重的品種。棉花是異交作物，異交率在８％左右，有些棉農多年沒有更換新的品種，棉種純度只有７０％～８０％，品質退化嚴重，繼續使用將會導致減產，品質下降。
    
　　六是與農藥、化肥一起存放的棉子。有些農戶常常將棉子與農藥、化肥一起長期存放于一個倉庫，由于通氣不暢，農藥、化肥散發的有毒氣體會損傷棉子正常的生理，造成發芽率銳減。
    
　　七是儲存年代過久的棉子。存放半年的棉種一般發芽率在８０％以上，在無低溫冷藏設備的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈反比，即存放年代越久，棉種壽命越短。
    
　　八是水泥曬場上曬過的棉子。在水泥曬場上曬含水量較高的棉子，容易造成棉種生理機能失調，部分棉子形成啞子，失去發芽能力。
    
　　九是機械損傷過重的棉子。精加工的包衣棉種中，機械損傷率應控制在２％以內。破子率超過２％以上的棉子，受藥物浸染過重，對發芽率影響很大，破子率過高就不宜于做種用。
    
　　十是退化子。棉子里往往發現又大、又白的多毛大白子以及無毛的光子、稀毛子、綠子、稀毛綠子、小子等，這些都是退化子，上面長的纖維比較短，品質較差。用這些種子播種所產生的后代，產量減少，纖維品質下降，因此，在播種前必須進行嚴格挑選，把這些種子淘汰掉。