棉花營養缽苗床上常見的問題，集中表現為旱、漬、病、肥、藥和凍苗、燒苗、線苗。
　　
　　防“五害” 缽上含水要適度。營養缽苗床要選在排灌兩便的地方，缽上含水量以手捏成團落地即散為好；棉花播種蓋土之后。要一次澆足水，水要澆到緩慢向下滲透為止；蓋膜之后要確保足墑，不要隨意揭膜，要做到苗不出齊不揭膜；苗床四周要排明水、濾漬水，做到雨過溝干；防治病害要把好三關；一是對苗床的營養缽土和播種后蓋缽的細土，均要進行藥劑消毒，以防土壤中的病菌為害棉苗。二是除精加工棉種已作消毒處理外，采用毛籽和光籽播種的，均要進行藥劑拌種殺菌。土壤和棉種消毒均可選用多菌靈、甲基托布津等藥劑處理。三是棉苗出齊后，要噴灑波爾多液等藥劑預防病菌侵染，但劑量不宜過大，更不能重復噴藥，以防產生藥害。
　　
　　防“三苗” 防止凍苗：棉苗出齊后，當氣溫穩定在12℃時，可先揭苗床兩頭通風散濕煉苗，然后逐步揭開，防止線苗旺長。當氣溫穩定在16℃時，可早上揭膜，晚上蓋膜，做到缽不移栽，膜不離床。防止燒苗：當氣溫達20℃以上時，要晝夜敞膜，并要澆水調墑。同時，提倡大缽育苗，盤缽蹲苗，淘汰弱苗，控旺促健，穩中爭早。防止線苗：因苗追肥育壯苗。棉苗出齊后，長勢好的只需追一次送嫁肥，底肥不足的要追肥兩次，第一次以清水糞為主，第二次可追0.5％~1.0％的尿素液促小趕大，做到壯苗離床。但每次肥料濃度不宜過大。