棉花枯萎病被稱為棉花“癌癥”。防治棉花枯萎病，除選用抗病品種外，改善水系設施、改進施肥技術，可以緩解癥狀，增強植株抗病能力。

增施有機肥 筆者曾在幾處棉花枯萎病發病株率達20%的棉田施用生物有機復合肥，當年的發病株率降至5%以下，比相鄰未施用生物有機復合肥的棉田發病株率降低15個百分點。這主要是因為生物有機肥的分泌物能抑制病菌繁衍和侵染。一般每畝施腐熟有機肥3000-4000公斤，或生物有機復合肥75公斤，或高能有機復合肥100公斤。各地可結合當地的實際情況靈活選用。

增施鉀肥 目前抗蟲棉品種在市場上的份額占80%以上，而抗蟲棉品種對鉀肥的需求量比常規棉高1倍以上。大田種植抗蟲棉品種缺鉀現象比較普遍，增施鉀肥既能增強植株對枯萎病的抵抗能力，又能預防因缺鉀引發的生理性病害（凋枯病）及持續高溫、暴雨之后常易爆發的紅葉莖枯病。一般抗蟲棉田每畝鉀肥用量不宜少于30 公斤。

重施普施花鈴肥 棉花花鈴期是需肥的高峰期，每畝需施高含量多元復合肥20公斤。單株有3個左右的鈴時，每畝還需再施尿素15公斤。同時，根外噴施磷酸二氫鉀、速樂硼等，以防棉花早衰。

改善水系設施 在易發生枯萎病的棉田中，地下水位高的地段比地下水位低的地段發病率高。這說明根系發育不良的棉株對枯萎病的抵抗能力弱。水系設施好的棉田，棉株發根好，能增強對枯萎病的抗性，應做到大溝、畦溝、腰溝相通，雨止田干。