水培使花卉擺脫了土壤病蟲害的侵害，但仍然會受到擺設環境病蟲害的侵害。空氣中的真菌、細菌、病毒仍可浸染水培花卉的莖葉，使其受到不同程度的病變。蚜蟲、介殼蟲可隨風飄至室內，降落到水培花卉上刺吸汁液。飛蛾在花卉上產卵，孵化成幼蟲，也會咀食花卉的嫩葉、莖尖。脫盆洗根改為水培的花卉，同樣會帶有真菌、細菌、病毒、蟲卵、幼蟲等，若不仔細檢查清除，會留下隱患。

水培花卉因其擺設環境的特殊性，一旦發生病蟲害，不宜使用化學農藥殺蟲，也不能用大劑量的殺菌劑滅菌。這些藥物雖能起到殺蟲滅菌的作用，但同時對環境也會造成污染。因此對水培花卉可能發生的病蟲害應以預防為主。

在選擇水培花卉時，盡可能挑選植株健壯、生長茂盛、無病蟲害的花卉。在養護過程中若發現蟲害，可采用人工捕捉，或用自來水沖洗清除。水培花卉發生浸染性病害是不多的，只有在少數葉片上有褐色病變，干癟壞死，或者有不規則形濕漬狀病變，是由真菌或細菌浸染形成，發現后應將整片病葉摘除燒毀，勿使其蔓延。發生脫節、爛根的水培花卉，可采用植株更新的方法處理，在莖節下端3厘米處截取上端尚完好的枝條，插在清水里，經過一段時間的養護管理，又能長出新根成為獨立的植株。