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君子蘭在養護過程中易發生根腐病，開始時只是個別根系變褐軟腐，地上植株無癥狀；然后肉質根腐爛，植株在陽光強烈、蒸發旺盛時頂部葉片萎蔫；后期根部腐爛程度加劇，葉片變小、顏色由綠變黃，新葉生出慢而少；最后根部全部腐爛，葉片自下而上逐漸干枯，全株枯死。
造成君子蘭根腐病的病菌多為真菌。該病菌在苗栽或土壤中的病殘體上越冬，在土壤中能存活多年，通過栽培操作、雨水傳播，多從根系損傷等傷口侵入。土壤帶菌、土質通透性差、水肥施用不當、地下蟲害嚴重等都是發病的原因。
君子蘭根腐病可以通過消毒盆土及種苗預防，盆土用65%代森鋅500倍液或50%退菌特1000倍液澆透，種苗栽植前用50%甲基托布津800倍液浸根系10分鐘，晾干后栽培。初發病時可進行化學防治：用80%的402乳油1500倍液或70%敵克松1200倍液灌根，每7至10天1次，連灌2-3次，防治效果可達95%以上；灌根時，待盆土稍干時進行，更有利于藥效充分發揮。對肉質根已腐爛但地上部分尚未枯死的病株，可采取以下急救措施：先將病株取出，洗凈根系上的泥土，用利刀把腐爛部分徹底削除，然后將莖基部浸入0.1%高錳酸鉀溶液中30分鐘，取出后在傷口處涂抹木炭灰以防腐防感染，之后置于通風處稍晾干，栽前再用B12（醫用針劑）原液浸蘸一下；栽培土用2:5:1的細河沙、園土、礱糠灰充分混合，再用沸水澆透消毒，冷涼后使用，這種盆土透氣性、保溫性、保濕性均好，有利于病株栽后再生新根；植株栽入時，要用手把入土部分按緊，使莖基與盆土緊密接觸；栽后溫度保持20-25℃，盆土保持稍潤濕即可，不干透不必澆水，一般30-40天即可生出新根。
