施用未經無害化處理的有機肥料可能給食品帶來的污染會比化肥更嚴重、更難預防。化學污染是生活垃圾中有害物質含量超標的重要因素。主要有來源于電池、電器、油漆、顏料添加劑中的有機污染物，城市垃圾、人畜糞便等有機廢棄物含有大量的病原體，這些病毒在土壤中存活時間較長。據調查，花菜、黃瓜、扁豆及茄果蔬菜受大腸桿菌污染較重，馬鈴薯、藕、筍、蘿卜、蔥、白菜受寄生蟲卵污染較重。開發和應用商品有機肥是有機肥料發展的一個新領域，適應市場經濟需求，在產品質量上具有可靠性，可作為綠色食品生產的主要肥料之一。目前，商品有機肥主要有三大類：一是城市垃圾堆肥，主要分布于大城市。二是活性有機肥料，以畜禽糞和農副產品加工下腳料為主要原料，經加入發酵微生物進行發酵脫水和無害化處理而成。三是腐殖酸、氨基酸類特種有機肥料，富含有機營養成分和植物生長調節劑。

可適時限量施用化肥

合理施用化肥，可以培肥地力和提高食品品質。化肥能夠補充土壤養分，平衡作物營養，從而促進作物生長，提高農產品品質。農作物從化肥中吸取的養分與從有機肥中吸取的同種養分元素作用是完全一樣的。有機肥中的有機物一般不能為作物直接吸收，而要分解成如同化肥所含的一樣成分后，才能發揮其營養作用。化肥與食品品質的關系比較密切，可以歸納為化肥施用得當則有益，施用不當則有害。磷肥和鉀肥對農產品品質改善有明顯的促進作用。施肥要做好“測土、配方、配肥、供肥和施肥技術指導”五個環節的平衡工作，化肥的利用率由當前的30%提高到45%以上。生產中化肥須與有機肥配合施用，有機氮與無機氮之比不超過1:1。例如，施優質廄肥100公斤加尿素1公斤，效果較好。農產品最后一次追肥必須在收獲前30天進行。