有機肥多作為基肥施用，而春季施肥以春播或春季移栽作物為主，所以合理施用有機肥就更加重要。有機肥在備肥和施用時要注意以下幾點：
   
　　施肥前一定要堆漚。腐熟有機肥中的養分多為無效態，難以被作物直接吸收利用，必須在腐熟過程中通過微生物分解轉化變成有效態；有機肥中含有各種有害的病菌、蟲卵和草籽，必需借助腐熟發酵的高溫進行殺滅。不少種植大戶將有機肥事先腐熟后封堆保存，隔年再用，這是一個成功的經驗，應予以推廣。

因作物而異。掌握好施肥量有機肥與化肥各有所長和不足，兩者要配合施用。考慮到合理性和可能性，施肥量要因作物而異。對大田作物提倡施用有機肥，一般畝施有機肥1000~3000公斤；對果樹和蔬菜則必須施用有機肥，其中果樹和露地蔬菜一般為3000~4000公斤，大棚等保護地蔬菜一般為4000~7000公斤。這里的施肥量主要指普通堆漚肥和廄肥，如為畜禽糞其用量應該適當減少，甚至減半。

正確處理商品有機肥和農家肥的關系。商品有機肥多為富含有機質的動植物廢棄物經發酵后制得，并達到了NY525—2002行業標準，作為商品出售，其品質優于一般農家肥。在施用方法上主要作基肥，每畝施用量為200~500公斤；一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量應該適當減少，并配施適量化肥。由于其施用量較少，歸還給土壤的有機質相當有限，不可長期連續施用商品有機肥來代替農家肥，至少要每隔3~5年施用一次農家肥。

正確看待有機肥與有機食品的關系。有機肥與化肥的主要區別在于：有機肥養分全面，養分配比天然合理，釋放緩慢，一般不會導致養分供應失衡；而化肥養分比較單一，養分釋放快，一般生產者難以完全做到科學控制養分的用量、配比和釋放速率，很容易因過量施肥或養分供應失衡而造成產品質量下降和環境污染，所以有機食品規定只許施用有機肥，不許施用化肥是有道理的。但有機肥如果選用不當也會帶來食品安全和環境污染問題，特別是當有機肥含有污染元素或有害物質及過量施用時。因此只施用有機肥的不一定就是安全食品，更不一定是有機食品。