基因食品自誕生之日起，人類對其安全性的疑問和爭論就從未停止過，以下列舉的就是對基因食品隱患的一種擔憂：
對環境的威脅。在許多基因改良品種中包含有從桿菌中提取出來的細菌基因，這種基因會產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質。在一次實驗室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含桿菌基因的馬利筋屬植物的花粉之后，產生了死亡或不正常發育的現象，這引起了生態學家們的另一種擔心，那些不在改良范圍之內的其它物種有可能成為改良物種的受害者。
最后，生物學家們擔心為了培養一些更具優良特性，比如說具有更強的抗病蟲害能力和抗旱能力等，而對農作物進行的改良，其特性很可能會通過花粉等媒介傳播給野生物種。