有腦血管瘤患者不適合喝咖啡，心臟病患者應喝不含或低咖啡因的咖啡，因為咖啡因會增快心跳速度而造成心臟缺氧。此外皮膚病患者及有胃病者應盡量少喝咖啡，才不致因過量而導致病情惡化。

糖尿病患者也要避免喝加入太多糖的咖啡，以免加重病情。美國食品及藥物管理局（fda）曾發表聲明，建議已經懷孕或可能懷孕的婦女減少咖啡因的攝取。因為孕婦在懷孕的第二期和第三期，代謝咖啡因的速度大約比未懷孕時快兩倍，而且，咖啡因還會越過胎盤進入胎兒，或是通過母乳的哺育進入嬰兒體內。

除此之外，許多研究并無法證明適量的咖啡因會對胎兒造成不利的影響，也沒有醫學報告禁止孕婦喝咖啡。在此仍建議孕婦及親自哺乳婦女對咖啡因的攝取需較為謹慎。總之，如果發現自己喝咖啡后感到身體不適，就應暫時不要喝咖啡，然后再從減少攝入量、改變喝法等方式著手。