氣候因素。包括有溫度、濕度、氣流和風速等。在普通級動物的開放式環境中，主要是自然因素在起作用，僅可通過動物房舍的建筑座向和結構、動物放置的位置和空間密度等方面來作有限的調控。在隔離系統或屏障、亞屏障系統中的動物，主要是通過各種設備，對上述的因素予以人工控制。在國家制定的實驗動物標準中，對各質量等級動物的環境氣候因素控制，都有明確的要求。
理化因素。包括有光照、噪音、粉塵、有害氣體、殺蟲劑和消毒劑等。這些因素可影響動物各生理系統的功能及生殖機能，需要嚴格控制，并實施經常性的監測。普通級動物要在適當的范圍內，采取有效的措施，對此予以監控;尤其是清潔級以上等級的動物，應通過實驗動物設施內的各種設備，按國家頒布的各個等級標準，嚴格予以控制。
生物因素。是指實驗動物飼育環境中，特別是動物個體周邊的生物狀況。包括有動物的社群狀況、飼養密度、空氣中微生物的狀況等。例如，在實驗動物中許多種類，都有能自然形成具有一定社會關系群體的特性。對動物進行小群組合時，就必須考慮到這些因素。不同種之間或同種的個體之間，都應有間隔或適合的距離。對實驗動物設施內空氣中的微生物有明確的要求，動物等級越高要求越為嚴格。國家標準規定，亞屏障系統設施內空氣落下的菌數少于或等于12.2個/皿時，屏障系統2.45個/皿時，隔離系統0.49個/皿時。