無脊椎動物種類繁多，其間形態結構的差異遠遠超過脊椎動物。以無脊椎動物為研究對象的胚胎學分支學科稱為無脊椎動物胚胎學。
不僅腔腸、環節、節肢、軟體、棘皮等主要門類的代表性動物的胚胎發育得到研究，在同一門動物中，各個綱的代表，甚至各個目的代表，都曾是研究的對象。當然有的細致深入，有的比較膚淺，尤其是那些種類比較稀少，材料難得的類群。
無脊椎動物胚胎學研究的內容包括卵子的成熟、受精、卵裂、早期發育、幼蟲類型以至某些種類的變態過程。20世紀以來，無脊椎動物胚胎發育的知識，在人類日常生活中逐漸占有重要位置。一些有經濟價值的無脊椎動物、例如蝦、蟹、竹蟶、牡蠣等的人工養殖需要了解其胚胎發育，甚至了解其幼蟲期的餌料，才能順利進行；對于一些有害的，例如船蛆或藤壺等附著生物，也需了解其生活史，才能有效地防治。