雖然具有二組相同的染色體組，但有一個(gè)或多個(gè)基因是單價(jià)的，沒有與之相對(duì)應(yīng)的等位基因，這種合子稱為半合子。例如果蠅雄體系由一對(duì)不同的XY性染色體所決定的，在雄果蠅中X染色體上的基因在細(xì)胞中只有一套，所以成半合狀態(tài)。這時(shí)由于隱性基因的作用可以表現(xiàn)出來(lái)，所以具有一個(gè)白眼基因w的雌果蠅（w／＋）是紅眼，雄果蠅（w／Y）則是白眼。含有這種基因座位的染色體部分發(fā)生缺失的染色體在發(fā)生交換重組后也同樣呈半合狀態(tài)，這時(shí)雌果蠅只帶一個(gè)w基因而表現(xiàn)為白眼。