半索動物門的柱頭蟲一類動物，身體左右對稱，體長十幾厘米至幾十厘米，狀似蠕蟲。身體是由吻部、頸、軀干三部分組成的。吻呈圓柱頭形或長卵形，內臟是水腔（hydrocoel），以背面的水孔與外界相通；頸部和軀干均具有真體腔，相當于原腔動物的前體腔（Protocoel）、中體腔（mesacoel）和后體腔（metacoel。在吻的基部腹面與頸部之間有口。在直行的消化管的前端前面正中線上有一條短的盲管（稱為腹脊索stomochord），可看作是脊索的一種形態代表，而稱此舉為擬索類（Adelochor-da）。但它和脊索并不相同。在咽的側面排列著許多馬蹄形的鰓裂，構成了鰓區。在鰓區后方有肝臟所在的肝區，肛門位于身體后端的背側。神經管在消化管的背側，血管系的主體則在腹側，這些除原索動物外，與其他脊椎動物的位置完全相反。腸鰓類動物為雌雄異體，許多小囊狀的生殖腺呈縱裂，從鰓區排列至肝區。直接發生或經過柱頭幼蟲階段。