利用計算機來協助克隆基因，稱為“電子”基因克隆（sillcon cloning），是與定位克隆、定位候選克隆策略并列的方法之一，即采用生物信息學的方法延伸EST序列，以獲得基因部分乃至全長的cDNA序列。EST數據庫的迅速擴張，已經并將繼續導致識別與克隆新基因策略發生革命性變化。

1 EST序列的獲取

　　利用計算機來協助克隆的第一步是必須獲得感興趣的EST，在dbEST數據庫中找出EST的最有途徑是尋找同源序列，標準：長度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。可通過數個萬維網界而使用BLAST檢索程度實現，其中最常用的如NCBI（National center for Biotechnology Information）的eneBank、意大利Tigem的ESTmachine（包括EST提取者和EST組裝機器）、THC（Tentative human Consensus Sequences）數據庫、ESTBlast檢索程序——通過英國人類基因組作圖項目資源中心（Human genome Mapping Project Resource Center，HGMP—RC）服務器上訪問。然后將檢出序列組裝為重疊群（contig），以此重疊群為被檢序列，重復進行BLAST檢索與序列組裝，延伸重疊樣系列，重復以上過程，直到沒有更多的重疊EST檢出或者說重疊群序列不能繼續延伸，有時可獲得全長的基因編碼序列。獲得這些EST序列數據后，再與GeneBank核酸數據庫進行相似性檢測，假如鳳有精確匹配基因，將EST序列數據據EST六種閱讀框翻譯成蛋白質，接著與蛋白質序列數據庫進行比較分析。基因分析的結果大致有三種：第一是已知基因，是研究對象為人類已鑒定和了解的基因；第二是以前未經鑒定的新基因；第三是未知基因，這部分基因之間無同種或異種基因的匹配。新基因和未知基因將進一步用于生物學研究。

2 基因的電子定位

　　基因的電子定位采用NCBI的電子PCR程序進行檢索，尋找EST序列上是否存在序列標簽位點（sequence tagged sites,STS），STS作為基因組中的單拷貝序列，是新一代的遺傳標記系統，其數目多，覆蓋密度較大，達到平均每1kb一個STS或更密集。將尋找到的STS與相應的染色體相比較，即可將此序列定位在該染色體上。

3 IMAGE克隆的索取

　　許多ESTs所對應的cDNA克隆可通過基因組及其表達的整合分子分析（intergrated molecular analysis of genomes and their expression，IMAGE）協定免疫索取，這與電子基因克隆相輔相成，IMAGE協定由美國LLNL國家實驗室主持，宗旨是共享排列好的cDNA文庫中的克隆重，大規模的EST測序項目如Merk&Cow公司投資的人類ESTs項目等都加入了IMAGE協定。當研究者通過另外的途徑得到基因的部分序列，并通過同源性檢索后發現該片段與加入IMAGE協定的EST序列高度同源時，便可免費索取其原始克隆，可通過美國的ATCC組織（American type Culture Collection）索取，從而避免或減輕篩選全長基因的麻煩，以集中精力進行基因的功能研究。