核被膜上有許多孔, 稱為核孔( nuclear pore ),是細胞核膜上溝通核質與胞質的開口, 由內外兩層膜的局部融合所形成, 核孔的直徑為80～120nm。

一個典型的哺乳動物的核膜上有3000～4000個核孔,合成功能旺盛的細胞, 核孔的數量就多。核孔是以一組蛋白質顆粒以特定的方式排布形成的結構, 它可以從核膜上分離出來, 被稱為核孔復合物。

NPC是一輪形結構, 外經120 nm, 并呈現8面對稱。輪轂是一個圓柱形的活塞(plug), 稱之為中央運輸蛋白(central transporter)。從中央運輸蛋白向外伸出8個輪輻(spoke)并與核孔復合物的細胞核面的核質環(nucleoplamic ring)和細胞質面的胞質環(cytoplasmic ring)相連。在胞質環的表面常有8個細胞質顆粒位于其上, 而核質環上有細纖絲伸向核質, 形成籠形結構, 稱之為籃。在某些生物中,NPC籃常同一種交織的纖維層相連, 稱之為核被網格(nuclear envelope lattice)。