細菌是單細胞生物，平均體長2～3微米，寬0.5微米，體型十分微小。細菌有球狀、桿狀和螺旋狀三種基本形態，分別被稱為球菌、桿菌和螺旋菌。
球菌（Coccus）。球菌呈球形或近似球形，菌體直徑在1微米左右。球菌分裂后產生新的細胞常保持一定的排列方式，在分類鑒定上有重要意義。例如分裂沿一個平面進行，分裂后的細胞分散而單獨存在的，稱為單球菌（Micrococcus）；兩個球菌成對排列，叫雙球菌（Diplococcus）；多個球菌鏈狀排列，稱為鏈球菌（Streptococcus）。如果球菌按兩個相互垂直的平面分裂，分裂后每四個細胞在一起呈田字形，稱為四聯球菌（Tetra-Coccus）；按三個相互垂直的平面進行分裂，分裂后每八個球菌排列在一起成立方體，稱為八疊球菌（Sarcina）。如果分裂面不規則，多個球菌無秩序地堆集在一起，稱為葡萄球菌（Staphylo-coccus）。
桿菌（Bacillus）。菌體桿狀，其大小、長短和粗細差別很大。短的桿菌接近球菌，長的桿菌呈絲狀。一般桿菌的長度為1～5微米，寬0.5～1.5微米。有的桿菌很直，有的稍彎曲。有的兩端截平，有的稍圓。大多數桿菌菌體分散存在，但有的種類呈長短不同的鏈狀排列，或一個挨一個呈柵狀或八字形。桿菌的形狀和排列方式在分類鑒定上也有一定意義。
螺旋菌（Spirillum）。菌體呈彎曲狀。根據細胞彎曲的程度和菌體硬度，分為弧菌（Vibrio）、螺旋菌（Spirillum）和螺旋體（Spirochaeta）�；【w略彎曲；螺旋菌菌體堅韌并呈螺旋狀彎曲；螺旋體菌體柔軟，彎曲如螺旋狀。