微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、種子處理和根外追肥等。

1. 土壤施肥。即做基肥、種肥或追肥時把微量元素肥料
施入土壤。這種施法雖然肥料的利用率較低，但有一定的后效。含微量元素的工業廢棄物和緩效性微肥常采用這種施肥方法。

2.種子處理。包括浸種和拌種兩種方法。浸種時將種子浸入微量元素溶液中，種子吸收溶液而膨脹，肥料隨水進入。常用的濃度是0.01％～0.1％，時間是 12～24小時。拌種是用少量水將微量元素肥料溶解，將溶液噴灑于種子上，攪拌均勻，使種子外面沾上溶液后陰干播種，一般每千克種子用2～6克肥料。

3.根外追肥。即將微量元素肥料溶液用噴霧器噴施到植株上，通過葉面或氣孔吸收而運轉到植株體內。常用的溶液濃度是0.01％～0.1％。