目前，大棚注重有機肥并以底施為主的問題解決得比較好，但施用不合理仍然嚴重存在。主要有以下幾點：
1、施用熟化程度不高或未經熟化的糞肥，病菌蟲卵大量存在，氨害傷根的問題時有發生。
2、雞糞連年大量施用致使磷肥超限嚴重，加劇土壤酸化、鹽漬化，并加重鋅、鐵、鈣離子的缺乏。磷素阻礙鋅的吸收、運輸和利用，降低鐵的活性，影響鈣在植物體內的作用發揮。第一年施用雞糞畝用量8—12方，第二年及以后畝用量以3—5方為宜，有機肥不足部分可用豬糞、牛糞等其它有機肥補充。
3、大棚基本不用作物秸桿有機肥的現象很普遍。事實上秸桿是大棚種植必不可少也是難以取代的有機肥。它不僅能提供大量的鉀素和豐富的有機質，更主要是補充大棚二氧化碳，調整碳、氮比，改善土壤團粒結構，增加土壤有益微生物群落，改善土壤微生態平衡，緩解施肥不當造成的鹽害。大棚施用秸桿肥可以是鋤碎為5厘米左右長度的非腐熟的秸桿，在定植前一個月施翻耕作層下，澆水后緩慢腐熟，畝用量1000—1500公斤。以稻草、玉米桿、麥秸為好。
