在分配色譜法（也稱體液－液色譜法）中，溶質分子在兩種不相混溶的液相即固定相和流動相之間按照它們的相對溶解度進行分配。固定相均勻地覆蓋于惰性載體─多孔的或非多孔的固體細粒或多孔紙上（紙上譜）。為避免兩相的混合，兩種分配液體在極性上必須顯著不同。若固定液是極性的（例如乙二醇），流動相是非極性的（例如乙烷），那么極性組分將較強烈的被保留。這是通常的操作方式。另一方面，若固定相是非極性的（例如癸烷），流動相是極性的（例如水），則極性組分易分配于流動相，從而洗脫得較快。后一種方法（它有相反的極性）稱作為反相液─液色譜法。由于溶解度差別的細微效應，所以液─液色譜法很適于分離同系物的同分異構體。在液─液色譜法中，固定相幾乎都被化學鍵合在載體物質上，而不是機械覆蓋在它的表面。這種色譜法稱作鍵合相色譜法（Bonded-Phase Chromatography，簡稱 BPC）。這種方法的機理尚不清楚，可能是分配機理，也可能是吸附機理， 視實驗條件而定。高效液相色譜法中，鍵合相色譜法的應用遠遠超過所有其他模式。