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基質(zhì)效應可對方法的定量限(LOQ)、檢出限(LOD)、線性、準確度和精密度產(chǎn)生嚴重的影響。基質(zhì)是樣品中被測物以外的組分，常對被測物分析有顯著的干擾，并影響測定結果的準確性，這些干擾和影響被稱為基質(zhì)效應。基質(zhì)效應表現(xiàn)為離子抑制或離子增強。
液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜中的基質(zhì)效應產(chǎn)生的原因一般認為是由于基質(zhì)中的非揮發(fā)性組分與待測物質(zhì)，在霧滴表面離子化的過程中產(chǎn)生競爭，影響電噴霧接口處的離子化效率。這些非揮發(fā)性的基質(zhì)組分將霧滴吸引在一起，阻止其裂解成更小的微滴。
根據(jù)接口處離子化和離子蒸發(fā)過程中的變化情況，這種競爭可能會增強(離子增強)或者妨礙(離子抑制)被分析物離子的形成效能，也就是說被分析物離子的形成效能與進入電噴霧離子源的基質(zhì)密切相關。也有人認為基質(zhì)效應是由于待測組分與基質(zhì)中內(nèi)源性物質(zhì)共洗脫而引起的色譜柱超載所致。
產(chǎn)生基質(zhì)效應的干擾性物質(zhì)分為兩類。 一類叫做“內(nèi)源性物質(zhì)”：它源自于被分析物本身，并保留在最終提取液中的物質(zhì)，包括鹽、強極性化合物、表面活性劑以及與目標化合物結構類似的脂類、胺類、肽類等。
另一類叫做“外源性物質(zhì)”：它并非來自基質(zhì)本身，而是來源于方法建立過程中外部環(huán)境，包括塑料和聚合物殘留、離子對試劑、有機酸、緩沖溶液等。
因此，在方法建立過程中，全面了解基質(zhì)效應的消除(或最小化)方法至關重要。目前，在液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜方法建立過程中詳細說明基質(zhì)效應消除方法的文章在國內(nèi)還較少。消除基質(zhì)效應的方法有： (1) 選擇合適的樣品前處理方法； (2) 選擇合適的色譜分離條件； (3) 優(yōu)化質(zhì)譜分析條件； (4) 使用合適的內(nèi)標； (5) 采用基質(zhì)標準溶液校正。
樣品溶液上機前提取、凈化的程度，決定了樣品溶液中基質(zhì)成分以及殘留數(shù)量的不同，從而導致不同程度的基質(zhì)效應。因此，樣品前處理方法的選擇直接影響基質(zhì)效應的強度。 傳統(tǒng)的消除基質(zhì)效應的前處理方法有：蛋白質(zhì)沉淀(PPT)、液液萃取(LLE)、固相萃取(SPE)、樣品稀釋(或減少進樣量)等。
對蛋白質(zhì)沉淀、液液萃取、固相萃取(反相固相萃取柱、離子交換柱、混合型固相萃取柱)等幾種常規(guī)的樣品前處理方法進行了比較。
結果顯示，蛋白質(zhì)沉淀方法的效果最差；其次是反相固相萃取和離子交換固相萃取；效果最好的是兼具反相和離子交換機理的混合型固相萃取柱；液液萃取也可以達到較好的凈化效果，但是對于極性化合物的回收率較低。在使用了混合型離子交換柱，使液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜方法檢測人體血液中的美沙特羅殘留量的基質(zhì)效應降到最低。
在此兩組實驗中，對于這幾種常規(guī)的前處理方法，混合型固相萃取柱的凈化效果最佳。同時，固相萃取柱上樣前的處理以及淋洗、洗脫條件的不同，都會導致最終基質(zhì)效應的不同。 比較硅膠基質(zhì)和聚合物基質(zhì)的反相固相萃取柱，結果表明，對于這兩種固相萃取柱, 以甲醇魏洗脫液，減少干擾物磷脂的洗脫，必須減小洗脫液中甲醇的比例，而對于硅膠基質(zhì)反相固相萃取柱100%的乙腈可以顯著降低干擾物磷脂的洗脫，同時，使目標物得到最佳的回收率。因此，使用硅膠基質(zhì)固相萃取柱，以乙腈洗脫，使實驗達到最佳效果。
在上述研究中，固相萃取柱作為最有效的消除基質(zhì)效應的方式應用于實驗中。但是，對于不同分析物，還要通過實驗來確定最優(yōu)(基質(zhì)效應影響最小)的前處理方法。對尿液、口腔液、血漿中的違禁藥進行檢測，根據(jù)各種前處理方式對不同基質(zhì)的凈化效果、不同樣品的預期濃度、最低檢出限要求,確定不同的基質(zhì)效應消除方法。尿液采用稀釋的前處理方法，口腔液采用乙腈沉淀蛋白質(zhì)的前處理方法，血漿采用固相萃取的前處理方法，均達到最佳效果。
比較兩種前處理方法對 LC-MS/MS 測定家兔血清中淫羊藿黃酮類化合物基質(zhì)效應的影響。以乙酸乙酯液－液萃取法進行樣品前處理后，家兔血清中淫羊藿黃酮類化合物的絕對基質(zhì)效應大于100%，提取回收率和方法過程效率均較高且穩(wěn)定；以C18小柱固相萃取法進行樣品前處理后，家兔血清中淫羊藿黃酮類化合物的絕對基質(zhì)效應低于100%，提取回收率和方法過程效率均較低且不穩(wěn)定。因此，采用乙酸乙酯液－液萃取法，適合作為樣品前處理方法。
近年來，出現(xiàn)了許多新型的前處理方法，例如，在線前處理技術的發(fā)展，使得基質(zhì)效應有了新的、更高效的解決方式。在線固相萃取(SPE)、渦流色譜技術(turbulent flow, TFC)，與傳統(tǒng)的前處理方式相比具有速度快、回收率高、成本低的特點。這種方式在近年來文獻中已有很多報道。
