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分享|測序專業名詞解釋(三)

放大字體  縮小字體 發布日期:2024-04-09  來源:Gene Diagnosis公眾號
核心提示:9.什么是Chip-seq染色質免疫共沉淀技術(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA相互作

9.什么是Chip-seq

染色質免疫共沉淀技術(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術,能夠高效地在全基因組范圍內 檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。

ChIP-Seq的原理是:首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,并對其進行純化與文庫構建;然后對富集得到的DNA片 段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

10.什么是CHIRP-Seq

CHIRP-Seq( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白的高通量測序方法。方法是通過設計生物素或鏈霉親和素探針,把目標RNA拉下來以后,與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上,最后把染色體片段做高通量測序,這樣會得到該RNA能夠結合到在基因組的哪些區域,但由于蛋白測序技術不夠成熟,無法知道與該RNA結合的蛋白。

11.什么是RIP-seq

RNA Immunoprecipitation是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點。這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。

RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀ChIP技術的類似應用,但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物,RIP實驗的優化條件與ChIP實驗不太相同(如復合物不需要固定,RIP反應體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶,抗體需經RIP實驗驗證等等)。RIP技術下游結合 microarray技術被稱為RIP-Chip,幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

12.什么是CLIP-seq

CLIP-seq,又稱為HITS-CLIP,即紫外交聯免疫沉淀結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的技術。其主要原理是基于RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發生耦聯,以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質復合體沉淀之后,回收其中的RNA片段,經添加接頭、RT-PCR等步驟,對這些分子進行高通量測序,再經生物信息學的分析和處理、總結,挖掘出其特定規律,從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。

編輯:songjiajie2010

 
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