(1)菌群：由多種細菌混合組成的相對穩(wěn)定的細菌群體，具有某些共同性狀。如大腸菌群包括大腸桿菌、產(chǎn)氣腸細菌及他們之間的過渡類型。

(2)菌屬：菌種的上一級分類，通常性狀相近、親緣關(guān)系密切的若干菌種組成一個菌屬，如芽孢桿菌屬、葡萄球菌屬、乳桿菌屬等。

(3)菌種：是細菌最基本的分類單位，通常指表型特征相似、親緣關(guān)系接近的一類細菌群體，與同屬內(nèi)其他種有著明顯差異;當涉及到細菌保存時，菌種是指細菌的種子(用來長期保存)資源。

(4)菌型：同一菌種的不同細菌，在某些方面存在較小差異的為同一菌型，通常一個菌種內(nèi)的細菌可以分為多種不同的菌型。

(5)菌株：由一個獨立分離的單細胞系培養(yǎng)而成的純遺傳型群體及其一切后代，一種微生物的每一個不同來源的純培養(yǎng)物均可稱為該菌種的一個菌株。