微生物由于結構簡單、繁殖快等特點，因此，它們在地球上分布遠比動植物要廣泛得多。

1.微生物在土壤中的分布：
土壤是微生物生活的最適環境。在土壤中分布著形形色色的微生物類群。

　　土壤具有微生物生命活動所必需的一切營養物質和適宜的生活條件， 土壤中的水分是一種濃度很稀的鹽類溶液，其中含有各種有機和無機氮素及各種鹽類、微量元素、維生素等，類似于常用的液體培養基。土壤大多是中性偏堿，適宜于大多數微生物生長，土壤中還含有氣體，主要是CO2、O2和N2。大部分地區土壤溫度的變化在0-30℃之間，并且在一年的大部分時間內其溫度變化在10-25℃，為微生物的生長繁殖提供了有利條件。 土壤中含有大量固形有機物和礦質元素，是微生物的營養庫。

　　土壤中微生物可以分為如下幾類：

①細菌：占土壤微生物總數的70�90%，多數為腐生菌，少數是自養菌。

②放線菌：占土壤中微生物含量的5�30%，是一類異好氧菌。

③霉菌：主要生活在靠近地面的土壤中，在通氣良好的土壤中，霉菌數量很多。

④酵母菌：普通作土中酵母菌含量很少。

另外，作土中還分布有許多藻類及原生生物等。

2.微生物在水中的分布

　　水具有微生物生命活動適宜的溫度、PH、氧氣等。因此，水中生長著眾多的微生物類群，它們主要來源土壤、空氣、動植物尸體、人和動物的排瀉物、工業及生活污水。

　　水中存在的微生物90%為革蘭氏陰性菌，主要有弧菌、假單胞菌、黃桿菌等。鞘細菌及有柄附生細菌也常見于水體中。 微生物在水體中表現為水平分布和垂直分布的規律。此外，相同水域的不同濃度微生物的含量及分布也不同。

　　通過水體傳播的病原微生物主要有沙門氏菌屬、志賀氏菌屬、霍亂弧菌等。因此，做好水的衛生學檢查至關重要。

　　3.微生物在空氣中的分布:

　　空氣本身缺乏微生物生活所必需的營養物，日光對微生物也具有很強的殺菌作用，另外空氣一般是干燥的，因此空氣不是微生物生活的良好環境。

　　空氣中的微生物主要來源于帶有微生物菌體及孢子的灰塵，這類微生物大多數是腐生性的，還來源于人和動物，它們大多數是通過呼吸道排出的，其中也包含有病原微生物，懸浮在大氣中。

　　空氣中微生物的分布隨環境條件及微生物的抵抗力不同而呈現不同的分布規律。空氣中存在較多的、存活時間較長的是各種真菌、放線菌的孢子及細菌芽胞。空氣中微生物的數目決定于塵埃的總量。