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清除蟹種培育池中遺留的扣蟹，選用生石灰、漂白粉較為安全。用生石灰清塘時，每畝用量為75公斤，一方面可以殺滅敵害生物，另一方面可以改良底質和水質，增加水體中鈣離子的含量，有利于河蟹蛻殼生長。用漂白粉清塘時，先計算池水體積，每立方米水體用漂白粉20克，將漂白粉加水溶解后立即全池潑灑，用藥后不久野雜魚即開始中毒死亡，殘留在池中的扣蟹紛紛向岸上爬，及時將爬上岸的扣蟹捉掉即可。通常清池后5天即可放養蟹苗。
有資料報道，可以用敵殺死清除蟹種培育池中遺留的扣蟹，方法是：在3月份每畝用0.15-0.25公斤敵殺死殺滅塘內敵害及殘存的扣蟹，數天后每畝用150-200公斤生石灰帶水清塘，再過10天開始投放經消毒的蟹種。
敵殺死為2.5%溴氰菊酯乳油。土壤對溴氰菊酯具有強吸附作用，該藥在田間土壤中的半衰期小于23天。一般認為，溴氰菊酯不能在魚塘、河流等處使用，以免對養殖對象產生毒害。溴氰菊酯遇堿性物質（如石灰水）容易分解并失效，上述用敵殺死清除蟹種培育池中遺留扣蟹的方法中，在使用敵殺死后又加用了大劑量的生石灰，有利于減少敵殺死在池塘中的殘留。生產上應用敵殺死清塘前應事先試驗，取得成功經驗后再擴大應用面積。
