在魚苗孵化過程中，提前脫膜和出現畸形胚胎等現象時有發生，嚴重影響出苗率。

凡孵化池內壁粗糙的須用砂輪打磨光滑，放卵時掌握合適的密度，一般每立方米水體放卵80萬粒左右；孵化用水要清潔無污染，并有較大流量；偏酸性的水，可在蓄水池中潑灑生石灰漿調節，使pH值保持在7~8之間；若發現孵化池中已有少量魚卵提前脫膜時，可適當關閉小進水閥門，并將高錳酸鉀溶液潑入孵化池中，使池水呈5ppm~10ppm濃度，保持5分鐘~8分鐘，處理后的魚卵卵膜會變得較為牢固，不易破損，有防止提前脫膜的作用。

過熟的魚卵，以及營養不良的親魚產出的魚卵，最易形成畸形胚胎。溫度的變化，尤其是在魚卵受精階段、卵裂初期和脫膜前后，水溫劇變均會導致畸形胚胎增加。不良的孵化水質也會影響胚胎的正常發育，產生畸形胚胎。因此，一年一度的魚苗繁殖工作，既要抓好親魚的培育，又要選擇合適的時機及合適的天氣進行親魚催產。

劍水蚤是魚苗孵化階段最大的敵害，當其大量侵入孵化池，就會咬破魚卵或咬死子魚，故而產卵池與孵化池用水要嚴加過濾。若發現孵化池中劍水蚤較多時，可適當關閉小進水閥門，進水量以魚卵能翻滾不下沉為準，將裝有90%的晶體敵百蟲的塑料瓶鉆數個小孔，掛在蓄水池通往孵化池的供水口處殺滅劍水蚤。