在自然生態條件下，黃鱔具有極強的生命力和抗病力，而人工養殖條件下，由于飼養密度增大，易引發病害。黃鱔發病初期很難觀察到，一旦病癥明顯已經很難治愈了，因此，鱔魚養殖要堅持預防為主、防治結合。

一．梅花斑病。初期于傷口或弱鱔肛門附近等出現小紅斑，繼而擴大成豆粒大小的圓形或橢圓形斑，嚴重時尾部全部爛掉，漂浮水面而死。防治方法：經常在鱔魚池內放幾只癩蛤蟆，利用其身上所分泌的毒汁，可有效殺死病菌。

二、發燒病。高密度飼養情況下，黃鱔分泌粘液的速度加快，若換水不及時或換水有死角時，就會因粘液發酵而釋放高熱，引起黃鱔體溫升高。病鱔相互纏繞翻滾，體表粘液脫落，頭部腫脹、焦燥。防治方法：減少放養密度，池內增投部分泥鰍，利用泥鰍吃掉剩餌，又可利用它上下翻滾，減少黃鱔纏繞。另外，還要注意換水。

三、膚霉病。此病是由于放養密度過大和餌料不足而引起黃鱧互相殘殺致逛公傷而引起的，病鱔身上有綿霉狀菌絲，體質瘦弱，很少攝食，終致衰竭而死。防治方法：用占池水重量萬分之四的食鹽和小蘇打（各占1/2拌勻），加水溶化后，灑潑全池。

四、毛細線蟲病。黃鱔患此病較普遍，主要是由毛細線蟲體寄生于腸壁粘膜層，破壞腸壁組織，引起腸壁炎癥。病鱔體質瘦弱，食欲大減，嚴重時黃鱔常常掙扎竄跳。防治方法：每百公斤黃鱔用90％晶體敵百蟲10克，拌入豆餅3公斤，制成藥丸投喂，連續投喂3-5天即可。

五、缺氧癥。此癥多發生于高溫天氣，由于鱔池中溫度較高，耗氧較多，導致鱔池缺氧，同時，因水面高溫，黃鱔無法探頭呼吸空氣，導致黃鱔頻繁探頭于洞外，造成肌體呼吸功能紊亂，最終衰竭死亡。預防方法：經常巡池，抽查鱔體、鱔池水質，一旦發病，立即換水，并配合底泥加強增氧措施。