比較基因組學(Comparative Genomics)是基于基因組圖譜和測序基礎(chǔ)上，對已知的基因和基因組結(jié)構(gòu)進行比較，來了解基因的功能、表達機理和物種進化的學科。利用模式生物基因組與人類基因組之間編碼順序上和結(jié)構(gòu)上的同源性，克隆人類疾病基因，揭示基因功能和疾病分子機制，闡明物種進化關(guān)系，及基因組的內(nèi)在結(jié)構(gòu)。目前從模式生物基因組研究中得出一些規(guī)律：模式生物基因組一般比較小，但編碼基因的比例較高，重復(fù)順序和非編碼順序較少；其G C%比較高；內(nèi)含子和外顯子的結(jié)構(gòu)組織比較保守，剪切位點在多種生物中一致；DNA 冗余，即重復(fù)；絕大多數(shù)的核心生物功能由相當數(shù)量的orthologous蛋白承擔；Synteny連鎖的同源基因在不同的基因組中有相同的連鎖關(guān)系等。模式生物基因組研究揭示了人類疾病基因的功能，利用基因順序上的同源性克隆人類疾病基因，利用模式生物實驗系統(tǒng)上的優(yōu)越性，在人類基因組研究中的應(yīng)用比較作圖分析復(fù)雜性狀，加深對基因組結(jié)構(gòu)的認識。