由于MRNA-PCR定量需經兩個酶（RT和Taq）催化，因而影響因素較多。1989年Wang等報道了低豐度mRNA絕對定量方法。利用濃度已知且與待測靶mR-NA序列相同的內對照mRNA（其片段長短不同，便于PCR擴增后產物的分離），在同一體系中，用相同的由32P標記的引物與待測mRNA一同進行逆轉錄和PCR擴增，擴增產物電泳后，分別測定二者產物放射性強度，由預先制備的標準曲線推算出每個樣本特異mRNA的量。Gilliland等的結果表明，在1ng總RNA中可以對小于1pg的特異mRNA進行定量。這一定量方法在腫瘤、代謝失調、基因表達調控等研究中均有重要意義。