開展良好農業規范認證依據的基本規范是《良好農業規范認證實施規則》（CNCA-N-004:2007）。

    開展良好農業規范認證依據的標準是《良好農業規范》系列國家標準。標準主要分為三部分，即農場基礎標準（如《良好農業規范 第2 部分：農場基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.2）），種類標準（如《作物基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.3）、《大田作物控制點與符合性規范》（GB/T 20014.4）、《水果蔬菜控制點與符合性規范》（GB/T 20014.5）、《畜禽基礎控制點與符合性規范》（GB/T20014.6）和產品模塊標準（如《牛羊控制點與符合性規范》（GB/T20014.7）、《家禽控制點與符合性規范》（GB/T 20014.10）、《茶葉控制點與符合性規范》（GB/T 20014.12）、《大黃魚網箱養殖控制點與符合性規范》（GB/T20014.23）等）。

   開展認證時，對相關標準要配套使用，如對水果種植進行認證時認證依據的標準除《農場基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.2）通用標準外，還應使用模塊標準《作物基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.3）和產品標準《水果蔬菜控制點與符合性規范》（GB/T 20014.5）；

    又如對牛羊養殖進行認證時要依據《農場基礎控制點與符合性規范》（GB/T20014.2）、《畜禽基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.6）和《牛羊控制點與符合性規范》（GB/T20014.7）；

    再如對羅非魚池塘養殖進行認證，需依據《農場基礎控制點與符合性規范》（GB/T20014.2）、《水產養殖基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.13）和《水產池塘養殖基礎控制點與符合性規范》（GB/T 20014.14）、《羅非魚池塘養殖控制點與符合性規范》（GB/T20014.19）。

     以農業生產經營者組織申請認證時還需滿足質量管理體系（CNCA-N-004:2007《良好農業規范認證實施規則》附件4：農業生產經營者組織質量管理體系）要求。