終審合格后，中國綠色食品發展中心將書面通知企業前往中心辦理領證手續。三個月內未前往中心辦理手續者，視為自動放棄。
領取綠色食品標志使用證書時，需同時辦理如下手續：1、交納標志服務費，原則上每個產品1萬元（系列產品優惠）；2、送審產品使用綠色食品標志的包裝設計樣圖；3、如不是法人代表本人來辦理，需出示法人代表的委托書；4、訂制綠色食品標志防偽標簽；5、與中心簽定《綠色食品標志許可使用合同》。中國綠色食品發展中心將對履行了上述手續的產品實行統一編號，并頒發綠色食品使用證書，證書的有效期為三年（綠色食品使用證書樣式見綠色食品標志申報文檔）。編號形式如下：