一、新舊版有機產品認證標志過渡期問題。根據《關于啟用國家有機產品認證標志備案系統的公告》（國家認監委2012年第9號公告）要求，在2012年3月1日前已從認證機構領取舊版有機產品認證標志或已印制帶有舊版有機產品認證標志的產品包裝，在2012年7月1日后（含7月1日）禁止繼續使用（如確需使用，必須經過整理后符合新的有機產品認證標志使用要求后方可繼續使用）；對已使用在2012年3月1日前領取的舊版有機產品認證標志或已印制帶有舊版有機產品認證標志產品包裝，且在2012年7月1日前已出廠銷售有機產品的，其有機產品認證標志使用應當符合2005年發布的《有機產品認證實施規則》和《有機產品》國家標準要求；在2012年7月1日后（含7月1日）出廠銷售的有機產品必須符合新的有機產品認證標志使用要求。

二、允許不加施有機產品認證標志問題。按照GB/T 19630-2011《有機產品》國家標準和相關規定，以下幾種情況可不加施有機產品認證標志：現場采摘銷售的果蔬類有機產品；不直接零售的加工原料；無法加施有機產品認證標志的散裝或裸裝產品，以及鮮活動物產品，但應在銷售專區的顯著位置擺放有機產品認證證書復印件。

三、有機產品認證標志批量損耗問題。獲證企業因不可抗拒力而導致領取的有機產品認證標志大批量損耗的，可由認證機構向國家認監委提供相關證據材料申請補發。

四、有機產品包裝規格報送問題。對于一些只能以頭、尾、只、個等計量單位銷售的產品，在信息系統中報送有機產品認證標志使用信息時，填報產品“包裝規格”可按平均重量填報。