從農業和農村經濟進入新階段以后的重大變化來看，新階段仍面臨多方面的挑戰：

——糧食綜合生產能力不強。農業基礎還較為薄弱，水利等農業基礎設施發展滯后，耕地質量不高，中低產田面積占耕地面積約 2/3。

——農業的綜合效益不高。農業生產方式大多仍然是小規模經營，集約化、規模化、產業化程度偏低。農業結構調整進展也不平衡。

——農產品國際市場競爭力還比較薄弱。農產品加工的深度、水平還有待于盡快提升；農產品的標準、技術、管理、等方面與國際相關行業接軌的程度還不夠緊密，要進一步在國際市場上樹立中國農產品及其加工品的精品和名牌形象，促進我國農產品的出口創匯。

——農民收入增長乏力。 1996年以來，農民純收入的增長幅度逐年下降，城鄉居民收入的差距增大，1984年城鄉居民人均純收入比例為1.7：1，2003年該比值擴大為3.24：1。

——科技支撐能力不強。農業生產的規模化、專業化和多樣化對科技提出了更高的要求，大幅度提高農業勞動生產率需要通過先進適用技術的廣泛應用，而目前我國科技進步率只有 45%左右。

——資源與環境問題依然嚴峻。我國耕地面積繼續減少， 2003年由于建設用地、結構調整、災害毀壞以及生態退耕等，凈減少耕地253.7萬公頃。水資源供求關系依然緊張，2003年人均水資源2076立方米，全年總用水量5410億立方米，分別比上年下降5.6%、3.0%和1.5%。生態環境建設力度加大，逐步有所好轉，但水土流失、草地退化、土壤沙化等整體仍未遏制，應該引起嚴重關注。

——食品安全受到威脅。

——農民組織化程度偏低。全國實行生產、加工、銷售一體化經營的龍頭企業和農民合作經濟組織雖然有了一定的發展，據有關統計，全國農民合作經濟組織等帶動的農戶只有 1/4左右，仍有約1.7億農戶需要組織和聯合起來。