轉基因食品是否會對人體健康造成“潛在的傷害”，直到今天還存在巨大爭議和懸念。從事生物安全的專家，對被破壞又重建的基因鏈剛剛提出質疑，從事生物技術的科學家就會用另外一整套數據予以反駁。 英國的一位研究人員最先公布的實驗結果說：用含有轉基因的馬鈴薯飼養大鼠，引起了大鼠器官生長異常、體重減輕、免疫系統遭到破壞。實驗結果立即引起轟動，英國公眾對轉基因食品的安全性紛紛表示懷疑。但是不久，英國皇家學會在專門對此組織的評審中，卻對這項實驗指出6條缺陷：不能確定轉基因和非轉基因馬鈴薯的化學成份有差異；對食用轉基因土豆的大鼠，未補充蛋白質以防止饑餓；供試動物數量少，飼喂幾種不同的食物，且都不是大鼠的標準食物，缺乏統計學意義；試驗設計差，未作雙盲測定；統計方法不當；試驗結果無一致性等。

2002年，英國《自然》和美國《科學》雜志又陸續報道：紐卡斯爾的研究人員發現，轉基因食品中的DNA片段可以進入人體腸道中的細菌體內，這似乎證明腸道的菌群會對抗生素產生抗性。英國食品標準協會為此做了關于轉基因食品安全的第一個人體實驗———哈里·吉爾伯特等學者給12名健康志愿者和7名手術切除部分結腸的志愿者，吃了含轉基因大豆的漢堡包和牛奶冰激凌食品。結果發現：健康者的糞便中沒有發現轉基因大豆的轉基因。但是，在那些切除過結腸的受試者的糞便中，確實發現了3.7％的大豆轉基因，這一結果提示：有極小量的細菌攝入了大豆轉基因。但這一數據沒有受到研究人員的重視，他們肯定地說，沒有任何證據證明這種轉基因的漂移對人有副作用。英國皇家協會的研究指出基因食品可能帶來過敏等不良癥狀，而且對兒童和嬰兒的危險尤其大。國際上許多國家和環保團體都呼吁對基因食品進行標簽，進而停止轉基因生物的商業性釋放。

在中國，科學家們對轉基因的安全也涇渭分明地分為兩派，中國農業大學校長陳章良接受采訪時說，“我是一個堅決支持轉基因的人。轉基因食品美國已經吃了6年，我們已經吃了3年，沒有見過有一個人吃了有什么不好的結果。中國大豆的50％是進口的轉基因大豆，它們主要來自于美國和阿根廷，這些大豆主要用來榨油。我們吃的豆油、豆腐、豆漿等等，其實都是轉基因的，我們一直在吃，但并沒有什么問題。”。我國中科院《科學新聞》發表的一篇文章，將轉基因食物“可能”對人類健康的危害總結為三點：一，轉基因作物中的毒素可引起人類急、慢性中毒或產生致癌、致畸、致突變作用；二，作物中的免疫或致敏物質可使人類機體產生變態或過敏反應；三，轉基因產品中的主要營養成份、微量營養成份及抗營養因子的變化，會降低食品的營養價值，使其營養結構失衡。到目前階段，對轉基因安全性的一個比較客觀的評價是：這是一個無法證實也無法證偽的命題。